Son secrétaire général, Jean-Antoine Giansily, conseiller de Paris fut élu Président du CNI en septembre 1992. Il devient député européen. Après deux mandats, il est remplacé en octobre 1996 par Olivier d’Ormesson, Conseiller général du Val de Marne et Maire d’Ormesson depuis 1947.
Le CNIP et le Mouvement pour la France (MPF) s’associent en 1997 et fondent La Droite Indépendante (LDI) pour les élections législatives prévues en 1998. Suite à la dissolution en 1997, des élections législatives anticipées sont organisées. Le CNIP n’est plus représenté à l’Assemblée Nationale.
En 1998, une élection anticipée met en place une jeune équipe avec à sa tête Jean Perrin, Président. Annick du Roscoät est élue Secrétaire Générale. Un an plus tard, un nouveau tandem est élu avec Gérard Bourgoin (maire de Chailley et conseiller général de l’Yonne) Président et Annick du Roscoät, (conseiller municipal de Nantes, conseiller général de la Loire-Atlantique et Conseiller Régional des Pays de la Loire) Secrétaire Général.
Le retour du CNI au Parlement
L’année 2005 marquera le retour du CNI au Parlement par l’adhésion de Philippe Dominati, sénateur de Paris, Jérôme RIVIERE, Député des Alpes-Maritimes, et Edouard LEVEAU, député-maire de Dieppe. « Le CNI sait faire entendre sa voix et sa différence. » Gilles BOURDOULEIX, Député de Maine et Loire et Maire de Cholet rejoint Edouard LEVEAU et Jérôme RIVIERE en 2006.
En octobre 2009, elle organise sa succession en prônant l’élection de Gilles BOURDOULEIX, Député, Maire de Cholet à la Présidence du CNI.